Cerita ini mengikuti Satoru Fujinuma, seorang pemuda yang memiliki kemampuan untuk mengirim dirinya kembali ke waktu sebelum kejadian berbahaya terjadi sehingga memungkinkan dirinya untuk melakukan pencegahan. Saat ibunya dibunuh, kemampuan Satoru mengirim dirinya ke 18 tahun lalu, saat dia masih di sekolah dasar, memberinya kesempatan untuk mencegah penculikan berantai yang merenggut nyawa ketiga teman sekelasnya.